园艺学一级学科下设园艺植物资源与遗传育种、园艺植物染色体工程与分子细胞遗传学、园艺产品营养与质量安全、南方山地园艺作物逆境生理生态4个研究方向，拥有南方山地园艺学教育部重点实验室、重庆市级高校蔬菜学重点实验室、重庆市级高校果树学重点实验室、重庆高校魔芋资源利用工程研究中心、重庆市花卉工程技术研究中心等5个省部级研究平台；拥有十字花科植物信号传导研究与应用、园艺作物染色体工程与细胞生物学、果品营养与质量安全、蔬菜遗传育种与生物技术、园艺植物发育生物学与分子调控、蔬菜分子生物学与基因工程、魔芋种质资源利用7个园艺学研究团队。

园艺学科“十二五”期间共承担各类科研项目496余项，总经费13506.406万元，其中国家自然科学基金纵向项目17项、省部级纵向项目67项，厅局级纵向项目5余项。获得国家科技进步二等奖1项、重庆市自然科学二等奖2项、重庆市自然科学三等奖2项、发明专利10项，出版专著3部，发表学术论文190余篇，其中SCI和EI收录论文34余篇，取得了良好的社会和经济效益。